A Zona de Quarentena é o segundo capítulo de The Last of Us e contém Vinte anos depois, Além do muro, A favela e A carga em que o jogador controla Joel.
| TEMPORADA | Verão |
| SEÇÕES | Vinte anos depois, Além do muro, A favela e A carga |
| LOCALIZAÇÃO | Boston, Massachusetts |
| DATA | Ano 2033 |
| PERSONAGENS | Joel, Tess, Robert, Marlene, Ellie |
| INIMIGOS | Contrabandistas, Corredores e Militares |
| MENÇÕES | Bandidos, FEDRA, Vaga-lumes e Zonas de Quarentena |
 ARTEFATOS |
8 |
 PINGENTES VAGA-LUMES |
3 |
 DIÁLOGOS |
3 |
 MANUAIS DE TREINAMENTO |
0 |
| GIBIS |
0 |
Joel agora vive na zona de quarentena de Boston e ganha a vida como um contrabandista, recebendo pessoas, itens e armas através dos muros da zona, e parece ter construído uma reputação cruel e terrível para si mesmo. Ele é acordado por Tess, sua amiga e parceira de negócios, que lhe informa que foi atacada pelos homens de Robert, um traficante de armas local, que está em dívida com eles. Eles decidem enfrentá-lo no seu armazém. Enquanto caminhava para o ponto de verificação que eles precisam passar, a fim de chegar ao seu destino, Tess comenta que a distribuição da comida ainda começou, mas as pessoas já estão na fila devido à escassez. A dupla também está presente quando quatro civis são arrastados para fora de um prédio próximo por soldados em trajes HAZMAT (um traje completo projetado para proteger o usuário de materiais perigosos.), que fazem uma varredura para ver se eles estão infectados. Os dois primeiros estão limpos, mas os teste do terceiro dá positivo. Apesar de dizer que não está infectada, a mulher recebe uma injeção letal de um soldado, matando-a. Na quarta varredura alguns tentam escapar, mas são mortos a tiros.
Em seguida, Joel e Tess chegam ao ponto de verificação. Quando eles estão prestes a passar, um ataque terrorista por um grupo rebelde conhecido como Vaga-lumes destrói um veículo militar. Isso faz com que o exército feche o ponto de verificação e ordene que todos na área saiam das ruas. Então Joel e Tess pegam um desvio por uma série de túneis e construções.
Joel e Tess passam por uma série de casas e edifícios abandonados. Em uma das casas, eles pegam mochilas, armas e mais a frente são forçados a colocar suas máscaras de gás em um ambiente escuro e estreito para evitar os esporos infecciosos liberados por um infectado morto. No caminho, se deparam com um homem que ainda está vivo, preso sob uma pilha de escombros. Ele implora para Joel matá-lo para que ele não vire "uma daquelas coisas". Joel tem a opção de atirar nele ou não. Em seguida, a dupla se depara com os primeiros infectados, denominados corredores, após contornar a situação eles encontram uma entrada para as favelas, onde Robert está se escondendo.
Ao chegar, como Joel prediz, Robert tem medo e já sabe da presença deles. Seus homens tentam impedir Tess e Joel de alcançá-lo, deixando eles sem opção a não ser matá-los. Eles passam por uma série de armazéns com muitos homens patrulhando a área, depois disso, finalmente eles pegam Robert.
Após uma curta perseguição, Robert é capturado e revela a Joel e Tess, que deu as armas que ele lhes devia aos Vaga-lumes, a quem ele também estava em dívida. Ele se oferece para ir atrás deles e obter as armas de volta, mas sem piedade Tess o mata com dois tiros. Enquanto eles pensam o que fazer a seguir, Marlene, a líder do Vaga-lumes aparece, ferida a bala por militares. Ela então propõe devolver as armas em troca de um favor, Tess não concorda mas não tem escolha a não ser fazer o acordo, que é contrabandear algo para o edifício do Capitólio de Boston. Então. depois de passar pelas patrulhas militares ela apresenta-los para uma adolescente chamada Ellie, a "carga" que aparece de posse de uma faca ordenando para que os dois se afastem de Marlene. Ao descobrir que era ela que eles deveriam levar, Joel hesita no início, mas Tess o convence e aceita o serviço, contanto que a "rainha" vaga-lume mostre antes as armas. Com tudo resolvido, mais tarde naquela noite, eles iniciaram a jornada.
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